深港通和深股通存在三個不同之處。首先,它們投資標的品種不同。相較于滬港通,深港通拓展了市值在50億元港幣及以上的恒生綜合小型股指數成分股,大約有100多只港股進入了深港通下的港股通標的,這使得相關基金的投資選擇更加豐富。其次,它們的運行機制也不同。深港通和滬港通采用“雙通道”獨立運行機制,這意味著投資者通過深港通下的港股通賬戶購買股票后,無法通過滬港通下的港股通賬戶售出,只能通過原先購買的賬戶售出。最后,它們的路徑也不同。深股通是資金北上(相對香港而言),而深港通是資金南下(相對內地而言)。中國證監會在2016年發布了《內地與香港股票市場交易互聯互通機制若干規定》,該規定擴展了適用范圍,將滬港通和深港通都納入其中。該規定還明確了投資者的適當性管理遵循屬地管理原則,例如,投資者委托香港經紀商購買深股通股票,需要遵守香港的投資者適當性監管規定和業務規則。此外,該規定為未來貨幣兌換機制的改善預留了制度空間。