1. 賬戶：深港通和滬港通均采用“雙通道”獨立運行機制。深港通和滬港通下的港股通證券賬戶內股票不能交叉賣出，但滬深港股通賬戶賣出港股的資金可以交叉使用。
2. 交易幣種：內地投資者通過港股通買賣香港證券市場的股票，以港幣報價成交，以人民幣清算并交收。
3. 交易交收機制：港股實行T0回轉交易、T2交收制度。也就是說，投資者買入港股當天即能賣出，而賣出時在T2日完成交收前仍享有該證券的權益。
4. 市場代碼：采用標的證券在香港市場的5位證券代碼進行申報。
5. 漲跌幅制度：港股市場不設漲跌幅限制，但聯交所為防止個股股價短期大幅波動，在2016年8月22日起推出了市場波動調節機制。即部分適用市場波動調節機制的個股在監測時段出現價格劇烈波動時，會觸發5分鐘的冷靜期，在冷靜期內交易價格受到觸發時5分鐘前最后一次交易價格的上下10%范圍的限制。
6. 報價顯示不同：港股證券市場股票價格上漲時，股票報價屏幕上顯示的顏色為綠色，下跌時為紅色，與內地證券市場不同。
7. 訂單類型：內地投資者參與港股通股票交易時，僅能使用兩種訂單類型：在競價時段應當采用“競價限價盤”委托；在持續交易時段應當采用“增強限價盤”委托。
8. 委托申報：投資者參與港股通交易委托申報需輸入證券代碼、買賣價格、買賣數量等參數。投資者申報的價格遵循香港當地的報價規則。在港股市場，開市報價規則與持續交易時段報價規則不同。但投資者在這兩個時段輸入的買賣盤價格，均不可大于上日收盤價或按盤價的上下15%，每個買賣盤不得超過3000手股份。具體的報價規則詳情，投資者可登錄聯交所網站，在“規則與監管”欄目下的“交易規則”選項中參閱《交易所規則》。
9. 可交易股票數量：投資者證券賬戶內的港股股票余額分為可交易數量、日終持有余額、未完成交收數量，如發生凍結，還包括凍結數量。港股通投資者的可交易數量計算公式為：可交易數量 = 日終持有余額 – 未完成交收數量 – 凍結數量。投資者凈買入港股股票時，未完成交收數量為正；投資者凈賣出港股股票時，未完成交收數量為負。
10. 碎股交易：內地投資者手中少于一手的“碎股”，需要通過聯交所交易系統的“碎股/特別買賣單位市場”交易。港股通投資者只能在碎股市場賣出碎股，不能買入。
